Sery kruche. Bezpośrednią przyczyną tej wady jest nadmiar kwasu mlekowego, tworzącego jak wiemy z parakazeiną mleczany parakazeiny, z których zawsze powstają wadliwe kwaśne sery. Do tego prowadzi nadkwaszone mleko, nadmiar zakwasów, przewlekła przeróbka, zaziębienie serów podczas ociekania. Szczególnie zaziębione sery zatrzymujące wiele serwatki nabierają poniekąd cech twarogu. Miąższ jest biały, kredowaty, kruchy i kwaśny. Później nie dojrzewa nawet w cieple, lecz oślizga z wierzchu i wydziela białą ciecz.
Podobne zjawiska spostrzegamy przerabiając mleko śluzowate, czyli ciągliwe. Słaby stopień ciągliwości mleka nie szkodzi serom, dopóki serwatka dostatecznie odcieka, lecz gdy wada występuje silnie i serwatka nie wycieka, wtedy również ser staje się kruchy i kwaśny, skórka zaś słaba, łatwo gnijąca.
Sery gnijące. Groźnym szkodnikiem twardych i długo dojrzewających serów jest Bacillus putrificus, który powoduje gnicie wewnątrz sera, gdzie ma dogodne warunki jako ścisły beztlenowiec. Wytwarza on w miąższu sera najpierw białe punkty, które się coraz więcej rozszerzają i miąższ rozkładają na szarą cuchnącą zgnilizną papkę. Są one tym bardziej niebezpieczne, że znoszą znaczne stężenie kwasu mlekowego. W tym wypadku normalna kwasowość nie chroni sera od gnicia. Wymieniony lasecznik tworzący zarodniki zawsze się znajduje w mleku, jednakże w serach zwykle nie ujawnia swej działalności. Nie wiadomo dotychczas, co go pobudza w niektórych wypadkach do silnego rozwoju.
Gnicie serów od skórki w głąb często się zdarza przy niedbałym pielęgnowaniu, np. gdy sery miękkie, szczególnie pokryte mazią, zanim utworzą skórkę, trzyma się w nadmiernej wilgoci, a nawet sery twarde, gdy się odleżą na mokrych półkach i są rzadko kiedy odwracane. Być może, iż także w tym przypadku obok innych drobnoustrojów nie znoszących tlenu powietrza jest czynny Bacillus putrificus.
Dziobatość i wżery powodują rozmaite pleśnie rozkładające sery od wierzchu. Uszkodzeniu ulegają przede wszystkim sery o słabej skórce, skaleczone i zaniedbane podczas pielęgnowania, zwłaszcza gdy wilgotność wynosi ponad 85°C.
W skórkę serów wżera się coraz głębiej, aż w miąższ, Oospora caseovorans (Burri). Najpierw tworzy ona na skórce białe plamy, które drążą wszerz i wgłąb, zamieniając ser w białą mączną masę. Środek zaradczy, to staranne pielęgnowanie skórki i zmniejszenie wilgotności otoczenia.
Sery gorzkie. Gorzki smak serów powodują rozmaite drobnoustroje, np. Streptococcus liquefaciens (Jemen) = Bacterium casei amari, Torula amara oraz inne drożdżaki, nadto obecność przez drobnoustroje wytworzonych peptonów i aldehydów w łączności z amoniakiem i solami amonowymi. Gdy następuje głębszy rozkład peptonów, goryczka zanika.
Gorzkawe również będą sery wyrobione z mleka naturalnie gorzkiego, powstałego np. przy jednostronnym skarmianiu lucerny chmielowej itp.
Smak mydlany serów powodują bakterie alkalizujące, wytwarzające amoniak, który zmydla tłuszcz. Najczęściej się to zdarza w porze zimowej, kiedy jest mało bakterii kwasu mlekowego, a mleko jest długo przechowywane w chłodzie. Dobrze jest stosować wtedy normandzki sposób podstoju, a nawet lekkie zakwaszanie kulturami.
Sery zjełczałe zdarzają się dość rzadko. Zjełczenie sprawiają drobnoustroje wydzielające zaczyn lipazę, który ma własność rozszczepiania tłuszczów. Jednakże zdarzają się też wypadki, że mleko wprost od krowy zawiera lipazę i jest dlatego zjełczałe. Silnie rozkładają tłuszcz oidia i penicillia.
Wadliwe zabarwienie powstaje albo wskutek działalności drobnoustrojów, albo też wskutek obecności metali, jak miedzi i żelaza. Wada występuje bądź to w całej masie, bądź też tylko plamami na powierzchni lub wewnątrz. Zabarwienie ciemnoniebieskie sprawia Bacterium cyaneofuscum, który pochodzi z brudnej wody i atakuje ser o umiarkowanej kwasowości.
Czerwone plamy na bokach kręgowych twardych serów wywołuje Penicillium casei (Burri). Plamki z biegiem czasu brunatnieją i wnikają nieco w głąb. Zarazki przenoszą się z sera na ser podczas zmywania za pośrednictwem niedostatecznie wypranych mytek.
Florę pleśni na serach typu camembert zanieczyszcza często Penicillium bruneo-violaceum zabarwiając je na brunatno-fiołkowo. W nadmiernie wilgotnych dojrzewalniach daje się on we znaki także serom twardym, wżera się w skórkę i uszkadza ją.
Czarne zabarwienie na powierzchni serów wywołują przeważnie pleśniaki, jak Monilia nigra i Cladosporium. Pierwsza łatwo ginie po zwilżeniu powierzchni sera nieco rozcieńczonym spirytusem.
Czerwone zabarwienie serów zdarza się często, szczególnie na serach zwilżanych. Czerwień przenikającą od wierzchu wgłąb powoduje Bacterium casei fusci, także Micrococcus chromoflavus, który towarzysząc poprzedniemu, wytwarza żółtawe zabarwienie. Oba zagnieżdżają się zwykle na nieczysto utrzymanych półkach, skąd zwłaszcza przy nadmiernej wilgoci dostają się na sery. Zarażone półki należy odkazić i dobrze osuszyć, a gdyby to nie pomogło — zmienić na nowe.
Różowe zabarwienie powoduje Torula czerwone występujące na powierzchni serów w postaci plamek Bacterium pro-digiosum.
Jest też czerwień pochodzenia chemicznego. Otóż ze świerkowych półek może dostać się do serów sok i barwniki tego drzewa. Te pod dalszym wpływem chemicznym zabarwiają ser dość głęboko na czerwono, zwłaszcza gdy półki utrzymuje się zbyt wilgotno (Teichert). Z tej przyczyny bardziej odpowiednie są półki z drzewa jodłowego i sosnowego niż świerkowego.
Sery dwubarwne cechuje to, że warstwa miąższu znajdującego się pod skórką jest biała na głębokość kilku centymetrów, środek zaś żółty. Biała warstwa jest zwykle krucha jak u kwaśnego szklaka. Siła zabarwienia warstw jest różna. Bliższe przyczyny tego objawu nie są jeszcze znane. Przypuszczalnie ma to związek z zaburzeniami w przebiegu dyfuzji (zbyt silny roztwór solanki, zaziębienie wierzchniej warstwy sera itp). Wada zdarza się głównie w serach twardych, np. ementalskich.
