Obecność związków metali. Żelazo i miedź tworzą z kwasem mlekowym połączenia, które zabarwiają ser na szaro, niebiesko i zielono. Powodem wady są źle pobielane naczynia miedziane i żelazne. Czy to są sole żelaza, czy też miedzi, poznać łatwo po przekroju sera. Jeżeli jest żelazo, to pod wpływem powietrza zabarwienie blaknie, natomiast ciemnieje, gdy jest miedź.
Krystaliczny osad w serach. W dziurkach starych kręgowych serów tworzą się czasem krystaliczne osady, prawdopodobnie dopiero po wyparowaniu „łzy” wraz z solanką. Przede wszystkim występuje to w serach pozostających długo w cieplarni, gdzie utraciły wiele wilgoci.
Sery trujące. Zakażenie drobnoustrojami chorobotwórczymi za pośrednictwem serów długo dojrzewających, twardych jest prawie że niemożliwe, zwłaszcza gdy spożywamy sery wysoko dogrzewane (np. ser ementalski). Jednakże były już notowane rzadkie zresztą wypadki zatrucia serami, które zawierały jady natury bakteryjnej (tyrootoksyny). Zwrócić należy uwagę i na to, że obawy zatrucia się serami są nieuzasadnione, gdyż trudno jest po prostu jeść sery wadliwe, nawet nietrujące. W żadnym jednak wypadku serów silnie wzdętych (coli-aerogenes) nie można uważać za nieszkodliwy środek spożywczy.
Na tym miejscu trzeba przestrzec serowarów przed zużyciem masy serowej, do której dostała się rtęć wskutek rozbicia termometru podczas pracy.
Inne wady. Oprócz wymienionych wad zdarzają się inne, czasem właściwe tylko niektórym gatunkom serów. Te poznamy przy opisie wyrobu poszczególnych gatunków. Tu nadmienia się, że za wadliwe uważa się także te sery, którym brak typowych cech gatunku, np. camembert bez typowej pleśni i czerwieni, w ogóle mieszańce, które prócz nazwy niewiele mają wspólnego z typowym gatunkiem sera.
Paso ż yty i szkodniki serowe. Roztocz, czyli molik serowy (Acarus, Tyroglyphus siro) pojawia się w wielkiej ilości na skórce twardych i suchych serów, w których żłobi coraz głębiej kanaliki. Zamienia on powoli ser na próchno, po którym poznać najłatwiej jego obecność. Molik świadczy zawsze o niedbałym pielęgnowaniu serów. Zapobiegamy mu najłatwiej stale
przestrzeganą schludnością w pielęgnowaniu. Gdy się już pojawił, należy sery oskrobać z naruszonej skorupy, kilkakrotnie wymoczyć w mleku wapiennym, półki zaś wyszorować gorącym roztworem sody. Od molika chroni parafinowanie i naoliwianie serów.
Ostro, ale skutecznie działa płyn do nacierania przyprawiony z 4 łyżek wywaru mielonego pieprzu, 8 łyżek soli kuchennej, 8 łyżek kwasu borowego i 0,5 litra wody. Jednak po tym zabiegu ser będzie posiadał lekki zapach pieprzu.
Mucha serowa, dwa razy mniejsza od muchy domowej, może wyrządzić wielkie szkody w serowni. Składa ona jajka najchętniej na miękkich serach, a również na uszkodzonych twardych. Z nich lęgną się gąsienice o długości około 1 cm. Te szybko przenoszą się z sera na ser i drążą go, najczęściej ukryte w szczelinach lub pod skórką. Po kilku dniach gąsienice przeobrażają się w poczwarki, ale już poza serem na półkach. Gąsienice są bardzo wytrzymałe i dlatego trudna jest z nimi walka. Najskuteczniejszy środek to nie dopuścić muchy serowej do dojrzewalni, zasiatkować okna, zamykać szczelnie drzwi, a przede wszystkim sery starannie pielęgnować. Gdyby mimo to znalazły się w piwnicy, wystarczą czasem lepy, a gdy te nie pomogą, stosuje się radykalne wysiarkowanie pomieszczeń (przedtem wynieść sery); sery uszkodzone trzeba oczyścić z siedlisk gąsienic, półki wymyć starannie gorącą wodą z sodą lub wapnem, podłogi również wybielić wapnem. Twarde sery chroni naoliwianie lub parafinowanie. Nacieranie chemicznymi środkami nie pomaga.
Inne szkodniki — to myszy i szczury, które nagryzają i zniekształcają sery. Znakomitymi znawczyniami serów są myszy, które spośród wielu sztuk wybierają zawsze najlepsze. Szczelne drzwi, szczelne posadzki i dobrze zamknięte kanały — oto pierwszy środek ochrony. Inne sposoby tępienia są dostatecznie znane.
Naprawa uszkodzeń. Mechaniczne uszkodzenia obniżają wartość serów. Do pewnego stopnia można naprawić uszkodzenia przynajmniej w twardych serach. Oto szczeliny w serach wycina się do czysta i następnie zalepia świeżą sparzoną masą serową jak kitem. Ser przestanie w tym miejscu gnić i pleśnieć. Płytkie rany zwłaszcza na młodych serach ścina się gładko i maści oliwą lub topionym masłem, dopóki nie utworzy się ochronna skórka. Czasem niezbyt silne przypalenie gładkim żelazem zabliźni ranę.
