Mleczany wapniowe znajdujące się w serach ulegają podczas prawidłowego dojrzewania rozkładowi pod wpływem działania bakterii kwasu propionowego (Bact. acidi propionici). bakterie kwasu propionowego, które zawsze dostają się do mleka, zmieniają mleczany wapniowe w serach dopiero po upływie 2 do 6 tygodni licząc od wyrobu i są, co udowodnił O.Jen-sen, przyczyną tworzenia się prawidłowych oczek w serach twardych. W serach o małej wadze, pielęgnowanych w temperaturze około 15°C tworzą one prawidłowo zaokrąglone, rzadko rozmieszczone oczka o wielkości grochu. Tak powinno być przy czystej fermentacji kwasu mlekowego i propionowego w serach edamskich, gouda, lechickich, w polskim serze trapistów, tylżyckich itp. W ciężkich natomiast serach pielęgnowanych w temperaturze około 20°C i wyższej i silnie wyprasowanych wydymają się oka o wielkości wiśni i większe np. w serach ementalskich. Ten objaw polega na tym, że bakterie kwasu propionowego wytwarzają z mleczanów mniejsze lub większe ilości bezwodnika kwasu węglowego, który w okresie podatności, plastyczności oraz nieprzepuszczalności masy serowej wydyma ją na regularne oka. Po odpowiednim zesztywnieniu masy serowej już nie zapadną się one później, gdy ustąpi prężność gazu.
Dziurkowanie wytworzone w serze wcześnie po wyrobie, albo nawet w czasie prasowania, tak samo później, dopóki znajduje się w nim nierozłożony cukier mlekowy, jest wadliwe i zwykle spowodowane bywa bakteriami gazującymi z grupy coli-aerogenes. Pokazuje nam to próba fermentacyjna oraz przekrój serków z próby fermentacyjno-podpuszczkowej. Sery są wtedy mniej lub więcej wzdęte, sitowate, podziurawione jak gąbka.
Można rozmaicie oceniać tworzenie się tzw. „międzyziarnowych” dziurek, dla których okazuje się tyle pobłażliwości w wartościowaniu nawet ze strony piśmiennictwa zawodowego, przede wszystkim wszędzie tam, gdzie z mlekiem serowarskim nie jest najlepiej. Dziurki międzyziarnowe nie są kuliste, lecz nieregularne o kształcie niekiedy podłużnym jak ziarnka jęczmienia. Nie ma powodu zaliczyć serów z takim dziurkowaniem do rzędu wyborowych, jak to się często dzieje. W większości wypadków dziurawość międzyziarnowa jest wczesna i pochodzi z przemiany cukru mlekowego, a nie mleczanów. Tu działają w mniejszym lub większym stopniu bakterie gazujące grupy coli-aerogenes; sery są wadliwe. Nieregularność dziurek wynikłą z niedostatecznego spojenia ziarn gęstwy należy oceniać inaczej. Późno powstałe oczka grochowe są zawsze świadectwem prawidłowej fermentacji propionowej, a sery w smaku i zapachu są zwykle bez zarzutu.
Bakterie kwasu propionowego powodują czasem przesadną fermentację, tworzą zbyt wielkie, a także niekiedy zbyt liczne dziurki. Graniczy to już ze wzdęciami serów.
W tym czasie, gdy odbywa się fermentacja kwasu propionowego, może też powstać niebezpieczna fermentacja kwasu masłowego i to również z rozkładu mleczanów. Jak wykazali van Beynum i Pette powoduje ją Clostridium tyrobutyricum. Ilość gazów jest wtedy wielka, sery często porozrywane, niemożliwe do spożycia, bo w smaku wstrętne, w zapachu trącą zjełczałym masłem.
Tak przedstawia się w ogólnym zarysie przemiana cukru mlekowego, białek i mleczanów w twardych serach podpuszczkowych. Kiedy kończy się szereg serów twardych, a kiedy zaczyna szereg serów miękkich, mierząc przebiegiem fermentacji, trudno ściśle określić. Granicę między obu szeregami stanowi w przybliżeniu kwasowość środowiska odpowiadająca pH 5. Kwaśniejsze dojrzewa już jak ser miękki.
Tłuszcz, od którego ilości zależy w znacznym stopniu wartość sera, nie ulega silnym przemianom podczas dojrzewania. Ale już małe ilości produktów wynikłych z rozkładu tłuszczu odznaczają się tak silną wonią, że obok amoniaku wystarczają do nadania serom ostrości. Rozszczepianie tłuszczu odbywa się dopiero po dłuższym dojrzewaniu. Odbywa się ono najsilniej w serach pleśniowych, a najsłabiej w serach twardych. Do drobnoustrojów rozszczepiających tłuszcze należą: Bact. prodi-giosum, aerogenes, Penicillium roqueforti, drożdżaki, oidium, Mykodermy i inne drobnoustroje.
Miękkie sery podpuszczkowe można podzielić według rodzaju drobnoustrojów rozwijających się na ich powierzchni, na zwilżane czyli maziowe i pleśniowe. Na maziowych przytłumiamy wegetację pleśni zwilżaniem i wcieraniem, natomiast na pleśniowych popieramy ich rozwój rozmaitymi sposobami.
Typowym przedstawicielem zwilżanych serów miękkich jest ser limburski. Ważną rolę w dojrzewaniu tego sera i pochodnych przypisuje się współżyciu rozrzedzających ziarniaków i Bact. casei i limburgensis, które wydzielają amoniak z aminokwasów. Amoniak zobojętnia kwasy i rozpuszcza kazeinę. Obok nich spotyka się Micrococcus casei liquefaciens, Tetra-coccus liquefaciens, drożdżaki, oidia i inne.
Tak Bact. casei limburgensis, jak też Micrococcus casei liquefaciens peptonizują silnie i wytwarzają typowy dla serów limburskich oraz pochodnych zwilżanych ostry zapach.
Dojrzewanie odbywa się od wierzchu w głąb, a dzieje się to zawdzięczając współżyciu rozmaitych drobnoustrojów. Oidia, Mykodermy i drożdżaki, ponieważ nie tylko zużywają cukier mlekowy, lecz także naruszają białka, wytwarzają amoniakalne produkty rozkładu, które zobojętniają środowisko i w ten sposób torują drogę bakteriom rozkładu sernika.
Pod ochroną wytworzonej mazi nie dopuszczającej tlenu powietrza, mogą się rozwijać i działać nawet bezwzględne beztlenowce, które rozkładają białko jak np. gnilny Bact. putrificus.
Jest to znamienne, że wytworzywszy podobną maź na serach twardych, można do pewnego stopnia zmieniać kierunek ich dojrzewania. Tak np. sery ementalskie pielęgnowane w kierunku wytworzenia się mazi czyli lakieru, jak to ma miejsce na grojerach, nabierają w smaku do pewnego stopnia cech grojera. Nie jest też to samo, czy pielęgnujemy lechickie sery na czystą skórkę bez mazi podobnie jak edamskie, czy też wytwarzamy na nich maź. To dotyczy też polskich serów trapistów.
Miękkie sery pleśniowe dojrzewają w podobny sposób jak zwilżane. Zobojętnienia kwasu mlekowego oraz rozkładu białka dokonują tu pleśnie, mykodermy, oidia, także bakterie alkalizujące.
Najprzedniejszym okazem tych serów jest camembert, należący do niewielu spośród tych serów, które naukowo najwięcej zbadano. Dojrzewanie jego jest wynikiem symbiozy (współżycia) oidium camemberti, penicillium camemberti oraz zespołu bakterii, które rozszczepiają białka i na serach tworzą charakterystyczną „czerwień”, czyli „rouge”. Te wszystkie drobnoustroje rozwijają się na powierzchni serów.