Śmietana na mleku podstojowym jest dobrym probierzem jego jakości. Serowar bada ją, czy jest gorzka lub ciągliwa, patrzy też na osad na dnie mis. Warstwę śmietany zbiera się za pomocą dziurkowanej kielni, na której pozostaje tylko gęsta . część, podczas gdy płynna przecieka przez kielnię. Przy tamtejszym wysokim procencie tłuszczu można część śmietany przerobić na masło, byleby mleko w kotle zachowało jeszcze 3,2 do 3,4% tłuszczu, co zadość czyni ustawie wymagającej najmniej 45% tłuszczu w suchej masie sera. Zresztą sery ementalskie nadmiernie tłuste są trudniejsze do wyrobu niż sery o średniej zawartości tłuszczu.
Ogrzewanie mleka w kotle . Z mis zebraną śmietanę wlewa się najpierw do kotła i topi, dodawszy kilka mis świeżego mleka ogrzewając najwyżej do 40°C w celu równomiernego zmieszania. Następnie wlewa się do kotła najświeższe mleko, po nim dopiero — podstojowe. Ta kolejność jest tym uzasadniona, aby mleko podstojowe, jako bardziej dojrzałe, najkrócej przebywało w cieple. Gdzie nie ma obawy o przekwaszenie, tam daje się najpierw mleko podstojowe i miesza dokładnie ze stopioną śmietaną. Cała korzyść wynikająca z tej kolejności polega na łatwiejszym zmieszaniu śmietany z resztą mleka podstojowego tym bardziej, że można podnieść temperaturę do 37°C, byleby w końcu ostateczna temperatura całej zawartości kotła, gdy doda się świeże mleko, nie przekroczyła temperatury, w której zaprawia się mleko podpuszczką.
Temperatura mleka, w której daje się zaprawę podpuszczkową, wynosi 33 do 34°C. Nawet różnica temperatury o jeden stopień wywiera tu znaczny wpływ na właściwości skrzepu. Każdy serowar powinien wypróbować najdogodniejszą w jego warunkach temperaturę czy wybrać nieco niższą od średniej np. 32,5, czy też nieco wyższą, np. 34,5 lub nawet 35°C. Są to jednak w serowarstwie ementalskim skrajne, nawet ryzykowne temperatury, ujawniające swój wpływ w strukturze dojrzałego sera.
Ogrzawszy mleko nie zwlekając należy je zaprawić podpuszczką, aby niepotrzebnie nie ulegało kwaśnieniu. Zanim tym się zajmiemy, poznamy różne sposoby przygotowania trawień-ców oraz przyrządzania z naturalnej zaprawy podpuszczkowej, której używa się obecnie prawie wyłącznie tylko w serowarstwie ementalskim i przy wyrobie serów gruyere.
Dobór bakterii drogą naturalnej zaprawy podpuszczkowej i czystych kultur. Przyrządzanie różnych zapraw podpuszczkowych i zakwasów złożonych z czystych kultur, czy też z surowych hodowli bakterii ma na celu wypielęgnowanie takiego doboru bakterii, które by dokonały najpierw szybkiej i czystej przemiany cukru mlekowego w surowym serze, a następnie przetworzyły parakazeinę na prostsze związki. Nadto powinny wytworzyć się charakterystyczne cechy sera pod względem wyglądu, smaku i zapachu.
Ser ementalski powstaje z masy serowej dogrzewanej do 56°C i zachowuje długo wysoką temperaturę. To wpływa do pewnego stopnia na zmniejszenie ilości drobnoustrojów oraz na rozwój pozostałych przy życiu. Obok paciorkowców czystej fermentacji kwasu mlekowego (Streptococeus lactis) są tu niezbędne silnie kwaszące laseczniki kwasu mlekowego zwane też bakteriami serowymi, ponieważ oprócz cukru mlekowego rozkładają też białko. Do nich należą wyodrębnione z sera ementalskiego Bacterium casei e (epsylon) a (alpha) i d (delta), zwane Thermobacteriuni helveticum, Streptobacterium casei oraz Betabacterium longum. Bacterium casei e zawdzięcza ser ementalski swój charakterystyczny skłodkoorzechowy smak. Najwłaściwsza dla serów jest temperatura wynosząca ponad 40°C, tj. panująca podczas obróbki masy serowej w kotle i następnie w prasowanym serze.
Do sera dostają się bakterie z naturalnej zaprawy podpuszczkowej lub nie zaszczepionej czystymi kulturami. Wyjątkowo używa się na to czystych kultur bakterii kwasu propionowego.
W związku z potrzebą wprowadzenia do sera doboru bakterii zapewniających prawidłowy przebieg dojrzewania wytworzyło się dość dużo sposobów przyrządzania zaprawy podpuszczkowej, co poznamy następnie. Należycie przygotowane oraz według warunków trafnie dobrane są one wszystkie dobre i w zupełności spełniają swe zadanie.
Przyczyniły się też bardzo do większej niż dawniej pewności w przeróbce i do polepszenia jakości towaru. Przede wszystkim usunięto prawie zupełnie szkodliwe wzdęcia serów. Przygotowanie właściwej zaprawy podpuszczkowej stanowi w serowarstwie ementalskim ważne zadanie. Toteż nie wolno tu chybić.
W dojrzałej naturalnej zaprawie podpuszczkowej, która jest właściwie zarazem surową kulturą rozmaitych bakterii, powinny się znaleźć:
1. różne pożyteczne bakterie kwasu mlekowego, dokonywujące czystej przemiany cukru mlekowego bez wytwarzania gazów,
2. cieplne laseczniki kwasu mlekowego z grupy Thermobacterium helveticum oraz inne bakterie serowe przetwarzające cukier mlekowy i rozkładające białka.
Dojrzała naturalna zaprawa podpuszczkowa czy to wypielęgnowana na zwarnicy z pominięciem czystych kultur bakterii, czy też sporządzona na nich jest zarazem zakwasem obfitującym w różne bakterie, które zwyciężają bakterie pierwotnie znajdujące się w mleku, choćby one były szkodliwe, byleby niezbyt liczne. Bakterie zawarte w zaprawie podpuszczkowej rozstrzygają tu o prawidłowości w przebiegu dojrzewania sera. Wyjaśnia to prosty rachunek.
Szwajcarskie mleko serowarskie, nawet gdy dojrzeje w czasie podstoju, zawiera około 100 000 bakterii w 1 cm3. Natomiast w 1 cm3 dojrzałej zaprawy podpuszczkowej znajduje się 200 do 600 milionów bakterii. Przyjmując, że na 1000 litrów mleka serowarskiego daje się 1 litr zaprawy podpuszczkowej, czyli 1 cm3 na litr mleka, wynika jeszcze 2- do 6-krotna przewaga bakterii dodanych z podpuszczką. Jednak ta przewaga kończy się, gdy w 1 cm3 mleka znajduje się 200 000 do 600 000 bakterii, co bardzo często zachodzi przy naszej produkcji mleka. Rzecz prosta, z takiego mleka nie należy wyrabiać sera ementalskiego.