Inaczej z serami miękkimi: masa serowa uzyskana w niższej temperaturze, przy długim okresie krzepnienia, mało rozdrobniona, nieprasowana i niedogrzewana, kurczy się słabo i skąpo wydziela serwatkę, wskutek czego powstaje w serze dużo cukru mlekowego, a zapas soli zasadowych nie wystarcza na zobojętnienie kwasu mlekowego. Enzym podpuszczkowy działa tu również i to silniej niż w serach twardych, gdyż jest czynniejszy w kwaśnym środowisku, ale skutki jego działania są mało widoczne. Dopiero drobnoustroje rozwijające się na powierzchni serów miękkich wytwarzają amoniak i zobojętniają nim kwas mlekowy. W zobojętnionym już środowisku mogą działać proteolityczne enzymy bakterii. Toteż sery miękkie dojrzewają stopniowo od wierzchu w głąb, a dojrzewanie im ułatwi płaski kształt, czyli wielka powierzchnia.
Główne składniki surowego sera podpuszczkowego stanowią: woda, cukier mlekowy, tłuszcz i parakazeinian dwuwapniowy. Oprócz nich nie bez znaczenia są sole mineralne oraz małe ilości substancji przechodzących z paszy do mleka, a stąd do sera np. ciał aromatycznych i smakowych, które tak subtelnie wyróżniają nabiał wytwarzany w górach.
Dojrzewanie sera — to zamienianie przez drobnoustroje cukru mlekowego na kwas mlekowy, rozkład parakazeiny lub kazeiny na prostsze związki, w części aż do amoniaku, przemiana soli kwasu mlekowego, czyli mleczanów, poza tym jakby dla ostrzejszej przyprawy nieznaczne rozszczepienie tłuszczu i może innych substancji, o czym jeszcze mało wiemy. Nie koniec na tym: mają wytworzyć się nie tylko byle jakie sery, ale także typowe ich gatunki ze wszystkimi odrębnymi zaletami i osobliwymi cechami. Małe znaczenie ma kształt sera. Pomaga tu człowiek technicznymi zabiegami, czemu jednak nie sprosta, gdy przyroda odmówi swej pomocy. Odnośnie innych cech wpływ przyrody wyraża się w wonnej paszy, korzystnym układzie mikroflory i w zgodnej współpracy drobnoustrojów. Wkracza to już w dziedzinę subtelnych wewnętrznych cech wytworu. Nie łatwo podrobić wykwintny ser camembert poza granicami Normandii bez pomocy przyrody.
Bakterie kwasu mlekowego jak gdzie indziej, tak też i w serowarstwie mają wielkie znaczenie. Bez kwasu przez nie wytworzonego zgniłyby po prostu wszystkie sery bez wyjątku. Zadaniem bakterii czystej fermentacji kwasu mlekowego jest jak najwcześniejsza przemiana cukru mlekowego na kwas mlekowy w serach. Od tej zależą inne przemiany, których dokonywują inne, mało jeszcze znane drobnoustroje w tak przysposobionym kwaśnym środowisku. Ta podstawowa praca nie zawsze odbywa się według naszych życzeń, bo nie zawsze przez odpowiednie bakterie dokonywana, tak co do czasu, jak i natężenia oraz czystości fermentacji. Wiemy, że działalność bakterii kwasu mlekowego zaczyna się począwszy od udoju, a kończy się razem z całkowitą przemianą cukru mlekowego. W serach twardych, ubogich w serwatkę, trwa to krótko, bo kilka tylko dni, w serach miękkich dłużej, jednak i one, gdy dojrzeją, nie zawierają wcale cukru mlekowego. W pierwszym przypadku działalności bakterii nie hamuje nadmiar kwasu, który zobojętnia dostateczny zapas soli zasadowych. Natomiast w serach miękkich bakterie przetwarzają cukier mlekowy w miarę zobojętniania jego nadmiaru przez drobnoustroje żyjące na powierzchni sera.
W większości rodzajów serów podpuszczkowych przemiany cukru mlekowego dokonują paciorkowce gatunku Streptococcus lactis, tak samo w serach twarogowych. W niektórych serach podpuszczkowych dogrzewanych do wysokich temperatur są czynne obok paciorkowców kwasu mlekowego także laseczniki lubiące ciepło, czyli termofile jak Thermobacterium helveti-cum, które wytrzymują dogrzewanie do wysokiej temperatury, np. do 56°C. Poniżej tej temperatury rozwijają się dobrze także inne pożądane cieplne bakterie jak Streptobacterium casei = Bact. casei a i Betabacterium longum — Bact. casei b. Potrafią one nie tylko silnie kwasić, ale także rozkładać białka. Są za tym typowymi bakteriami powodującymi dojrzewanie sera. Im to obok Bad. Casei E przypisuje się niepoślednie znaczenie w przebiegu dojrzewania serów ementalskich, nadawanie tym serom swoistego orzechowego smaku oraz elastyczności miąższu. Cały sposób wyrobu tego sera, szczególnie zastosowanie i utrzymanie wysokiej temperatury (56°C), sprzyja doborowi oraz rozwojowi wymienionych bakterii.
Prasowanie oraz ociekanie serów powinno odbywać się w temperaturze 15 do 20°C najpierw, by nadmiar serwatki odcieki, pozatym, by przemiana cukru mlekowego odbyła się jak-najprędzej. Gdy skończy się ta ważna wstępna fermentacja, można sery nawet zamrozić. W temperaturze bliskiej zera są jeszcze czynne niektóre ziarniaki, ich enzymy podpuszczkowe i kazeaza (enzym bakterii, który głębiej rozkłada białka, niż enzym podpuszczkowy), działające nawet po śmierci wymienionych bakterii.
Po okresie przemiany cukru mlekowego następuje rozkład ciał białkowych, a nieco później także mleczanów na kwas pro-pionowy i bezwodnik kwasu mlekowego. Wiadomo, że niektóre bakterie przemiany cukru mlekowego spełniają w serowarstwie jeszcze drugie ważne zadanie: rozkład ciał białkowych; jedne rozkładają je tylko na albumozy i peptony, inne aż do aminokwasów i amoniaku. Znane nam Bact. e wytwarza znaczne ilości aminokwasów, szczególnie tyrozyny, od której sery ementalskie nabierają charakterystycznego dla tego gatunku słodkawego smaku. Również tak głębokiego rozkładu białka potrafią dokonywać też Bact. casei a i 5 uchodzące za filary w dojrzewaniu serów ementalskich.
Gorini przypisuje ważne znaczenie proteolitycznemu działaniu enzymów ziarniaków kwasowo-podpuszczkowych (Betacoc-cus), które dostają się do mleka z wymienia. Ich enzymy długo jeszcze po śmierci swych twórców zachowują zdolność rozkładu białka nawet w temperaturze 0°C.
Pewne znaczenie, nie tylko z powodu strącania parakazeiny, ale także z powodu dalszego, choć bardzo wolnego rozkładu białek nawet w niskiej temperaturze, ma enzym podpuszczkowy. Podpuszczka działa tu jak pepsyna mając ku temu korzystne, bo kwaśne środowisko.
Typowe bakterie rozkładu białek (gnilne) jak Bact. vulgare, fluorescens, Bact. subtilis i mesentericus nie rozwijają się w serach, a nawet giną, gdyż jako alkalizujące nie znoszą kwaśnego środowiska. Jednakże są i tu wyjątki. Niektóre bowiem gnilne drobnoustroje atakują czasem sery i to głównie od zewnątrz lub w otworach sera. Tak np. Bac. purificus, który jeszcze poznamy przy omawianiu wady serów, wyrządza wielkie szkody.
