Gorgonzola należy do serów miękkich, przerośniętych wewnątrz niebieską pleśnią na podobieństwo serów roquefort. Ma kształt walca, którego średnica wynosi około 30 cm, wysokość 20 cm, waży 12 do 15 kg. Na ser potrzeba około 100 litrów mleka. Wyrabia się także mniejsze sztuki powyżej 6 kg. Skórka sera jest brunatna, miąższ jasnożółty, marmurkowaty, o ciemniejszych żółtych żyłkach będących wynikiem mieszania niejednolitych mas surowego sera oraz o żyłkach zielonkawoniebieskich (erbo-inato) powstałych wskutek obecności Penicillium roqueforti, które nadają mu poniekąd wygląd sera rokforckiego. Dawniej niebieski pleśniak zasiewał się samoczynnie. W chłodnej bowiem porze roku znajduje się on w serowniach i piwnicach, ale obecnie zasiewa się go także sztucznie w podobny sposób jak do sera rokforckiego i nadto stosuje się nakłuwanie.
Początkowo gorgonzolę wyrabiano tylko w okolicy Mediolanu i to wyłącznie jesienią przez wrzesień i październik, gdy odpowiedni chłód oraz odpowiednia wilgoć sprzyjały prawidłowemu dojrzewaniu i rozwojowi niebieskich pleśni. Obecnie wyrabia się te sery także w innych prowincjach Włoch i w lecie, ale w tym przypadku wysyła się surowe sery w celu dojrzewania do chłodnych piwnic, w których ciepło nie przekracza 10°C nawet w sierpniu. Takie warunki spotyka się szczególnie w pobliżu jeziora Lecco.
Jedną z charakterystycznych cech fabrykacji tego sera jest to, że wyrabia się go z dwóch mas serowych jednej uzyskanej z wieczornego udoju, drugiej z rannego. Wieczorną masę, która jest zimna, ocieknięta, sucha, miesza się z ranną, jeszcze ciepłą, bardziej wodnistą. To właśnie jest powodem, że wewnątrz sera znajdują się cząstki luźniej związane, którędy łatwiej przenika pleśń; z drugiej strony masa zmieszana z cząstek niejednakowo wysuszonych nabiera marmurkowatych smug, jaśniej lub ciemniej zabarwionych.
Mleko zaprawia się w temperaturze 25°C taką ilością wyciągu podpuszczkowego, aby skrzepnienie nastąpiło w ciągu 20 do 30 minut. Średnia twardość skrzepu jest najodpowiedniejsza do obróbki. Pierwszy raz kraje się skrzep tylko z grubsza, czyniąc prostopadłe cięcia płytką, drewnianą misą. Po chwili rozdrabnia się go na kawałki wielkości pięści i pozostawia w spokoju około 15 minut, aby w tym czasie krajanka zdążyła wydzielić znaczną część serwatki i tak się wzmocnić, aby podczas dalszej obróbki nie rozpylała się.
Po upływie tego czasu rozdrabnia się dalej krajankę ostrożnie, aż otrzyma się kawałki wielkości laskowego orzecha, niekiedy nawet mniejsze. Wtedy następuje krótka przerwa, by masa serowa mogła opaść na dno naczynia. Gdy to nastąpi, nabiera się jej czerpakiem na chustę, zawiązuje cztery rogi i zawiesza węzełek w celu ocieknięcia przez noc.
Następnego dnia rano w ten sam sposób przerabia się mleko z rannego udoju, jednakże masa serowa ocieka tylko około pół godziny. Tak przygotowanymi masami serowymi napełnia się formy złożone z drewnianych obręczy, które można dowolnie ścieśniać lub rozszerzać. Wysokość ich wynosi 25 do 30 cm. Obręcz rozluźnia się tak, aby otrzymać średnicę około 25 do 28 cm, nakłada na nią pierścień lub wzmacnia sznurem i ustawia na nieco pochylonym stole, wyścielonym zdrową żytnią słomą. Formy wykłada się chustami i zaczyna napełniać masą serową. W tym celu odcina się z bundzów, czyli brył sera drewnianą płytką warzechą warstwy grubości palca i wkłada je na przemian do form. Na spód daje się warstwę świeżej ciepłej masy, potem wieczornej, znowu świeżej i tak dalej, aż do zupełnego napełnienia kończąc je warstwą świeżego bundzu. Wymaga tego należyte wygładzenie plasków sera. Na formę nakłada się nadstawkę, którą zdejmuje się, gdy masa serowa opadnie na wysokość podstawowej obręczy. Gdy to nastąpi, miesza się starannie zawartość formy, po czym nakrywa ją wystającymi końcami chusty i pozostawia w spokoju w ciągu 12 godzin. Po upływie tego czasu ser wzmacnia się na tyle, że można go obrócić razem z formą.
